Sí, si estás obligado a cotizar y no has efectuado los pagos de las cotizaciones previsionales, El Servicio de Impuestos Internos (SII)  descontará en tu declaración de impuesto a la renta el valor adeudado 

De acuerdo a la nueva reforma previsional (Ley N° 20.255) los trabajadores independientes que obtienen rentas de acuerdo al Art 42 N° 2 están obligados a efectuar a partir del año 2008 sus cotizaciones previsionales para pensiones, seguros de accidentes y enfermedades profesionales, Salud y Ley Sanna.  

Es más fácil, rápido y seguro si al realizar tu declaración de impuestos a la renta renta, eliges la opción depósito en Cuenta Bancaria o puedes actualizar tu cuenta aquí